kth.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Enabling automated and reproducible spatially resolved transcriptomics at scale
KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), Genteknologi. KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID-id: 0000-0002-0210-7886
KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), Genteknologi.ORCID-id: 0000-0001-7198-5116
KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), Genteknologi. (KTH Royal Inst Technol, Div Gene Technol, Sci Life Lab, Stockholm, Sweden.)ORCID-id: 0000-0003-0738-1574
2022 (Engelska)Ingår i: Heliyon, E-ISSN 2405-8440, Vol. 8, nr 6, s. e09651-, artikel-id e09651Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Spatial information of tissues is an essential component to reach a holistic overview of gene expression mecha-nisms. The sequencing-based Spatial transcriptomics approach allows to spatially barcode the whole tran-scriptome of tissue sections using microarray glass slides. However, manual preparation of high-quality tissue sequencing libraries is time-consuming and subjected to technical variability. Here, we present an automated adaptation of the 10x Genomics Visium library construction on the widely used Agilent Bravo Liquid Handling Platform. Compared to the manual Visium library preparation, our automated approach reduces hands-on time by over 80% and provides higher throughput and robustness. Our automated Visium library preparation protocol provides a new strategy to standardize spatially resolved transcriptomics analysis of tissues at scale.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Elsevier BV , 2022. Vol. 8, nr 6, s. e09651-, artikel-id e09651
Nyckelord [en]
Spatial transcriptomics, Visium, Automation, RNA-sequencing, High-throughput, Library preparation
Nationell ämneskategori
Medicinsk bioteknologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-316241DOI: 10.1016/j.heliyon.2022.e09651ISI: 000830207200004PubMedID: 35756107Scopus ID: 2-s2.0-85132315436OAI: oai:DiVA.org:kth-316241DiVA, id: diva2:1688664
Anmärkning

Not duplicate with DiVA 1639901QC 20220819

Tillgänglig från: 2022-08-19 Skapad: 2022-08-19 Senast uppdaterad: 2022-08-19Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Stenbeck, LinneaTaborsak-Lines, FannyGiacomello, Stefania

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Stenbeck, LinneaTaborsak-Lines, FannyGiacomello, Stefania
Av organisationen
GenteknologiScience for Life Laboratory, SciLifeLab
I samma tidskrift
Heliyon
Medicinsk bioteknologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 58 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf