Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Automatic GROMACS Topology Generation and Comparisons of Force Fields for Solvation Free Energy Calculations
KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Teoretisk fysik. KTH, Centra, SeRC - Swedish e-Science Research Centre.
KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Teoretisk fysik, Beräkningsbiofysik. KTH, Centra, SeRC - Swedish e-Science Research Centre. Center for Biomembrane Research, Stockholm University, Sweden .ORCID-id: 0000-0002-2734-2794
2015 (Engelska)Ingår i: Journal of Physical Chemistry B, ISSN 1520-6106, E-ISSN 1520-5207, Vol. 119, nr 3, s. 810-823Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Free energy calculation has long been an important goal for molecular dynamics simulation and force field development, but historically it has been challenged by limited performance, accuracy, and creation of topologies for arbitrary small molecules. This has made it difficult to systematically compare different sets of parameters to improve existing force fields, but in the past few years several authors have developed increasingly automated procedures to generate parameters for force fields such as Amber, CHARMM, and OPLS. Here, we present a new framework that enables fully automated generation of GROMACS topologies for any of these force fields and an automated setup for parallel adaptive optimization of high-throughput free energy calculation by adjusting lambda point placement on the fly. As a small example of this automated pipeline, we have calculated solvation free energies of 50 different small molecules using the GAFF, OPLS-AA, and CGenFF force fields and four different water models, and by including the often neglected polarization costs, we show that the common charge models are somewhat underpolarized.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
American Chemical Society (ACS), 2015. Vol. 119, nr 3, s. 810-823
Nationell ämneskategori
Fysik Kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-165234DOI: 10.1021/jp505332pISI: 000351329400020PubMedID: 25343332Scopus ID: 2-s2.0-84921510376OAI: oai:DiVA.org:kth-165234DiVA, id: diva2:809734
Anmärkning

QC 20150505

Tillgänglig från: 2015-05-05 Skapad: 2015-04-24 Senast uppdaterad: 2017-12-04Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1241 kB)195 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1241 kBChecksumma SHA-512
ca9aaf0965027295bd8ab21e4ec0b8c9d7fb8d9de690295943780e7776760323e9ee790efa1a40e52eb4d7cccffe614479ae48219c8181fb163af667a250e73f
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Personposter BETA

Lindahl, Erik

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Lundborg, MagnusLindahl, Erik
Av organisationen
Teoretisk fysikSeRC - Swedish e-Science Research CentreBeräkningsbiofysik
I samma tidskrift
Journal of Physical Chemistry B
FysikKemi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 195 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 301 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf