kth.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Towards spatially resolved single cell micro-RNA expression analysis in tissue sections
KTH, Skolan för bioteknologi (BIO).
2015 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (masterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)Alternativ titel
Analys av microRNA-uttryck med spatial upplösning i vävnadssnitt (Svenska)
Abstract [en]

Over the past several years it has been revealed that microRNAs (miRNAs) play a role in various diseases from cancer to cardiovascular disease. These short, noncoding RNAs act by regulating gene expression at transcriptional or post-transcriptional level and show potential as biomarkers and as therapeutic targets.

Traditional miRNA expression analysis relies on measuring the mean miRNA content of a whole tissue sample, resulting in that altered miRNA expression of a rare cell type is masked because of the large number of normal cells.

Therefore, a method for spatially resolved single-cell miRNA sequencing is being developed. By placing a one-cell-layer tissue section on a microarray covered with pre-adenylated surface probes, miRNAs can be specifically immobilized to the surface by ligation. Surface probes are arranged into singl-cell-sized clusters with unique positional tags, which enables the miRNA expression data to be traced back to the cell from which it originated. In this master thesis project, a protocol for spatially resolved miRNA expression analysis has been evaluated, using in-house arrays without positional tags. The study was performed on the mouse olfactory bulb (MOB) model system, and includes new strategies for miRNA surface capture and library preparation.

Abstract [sv]

De senaste åren har det avslöjats att mikroRNA spelar en avgörande roll i flertalet sjukdomar från cancer till hjärt- och kärlsjukdomar. Dessa korta, icke-kodande RNA kan reglera genuttryck på transkriptionell eller posttranskriptionell nivå, och har potential som biomarkörer och terapeutiska mål-

I traditioell analys av miRNA-uttryck mäts det genomsnittliga innehållet av miRNA över ett helt vävnadsprov, vilket resulterar i att förändrat miRNA-uttryck hos en ovanlig celltyp döljs på grund av det stora antalet normala celler.

Därför är en metod för spatiellt upplöst singelcellsekvensering under utveckling. Genom att placera ett encellsskikt av vävnad på ett mikrochip täckt med pre-adenylerade utprober kan miRNA bindas specifikt till ytan genom ligering. Ytproberna är arrangerade i kluster med unika positionssekvenser som gör det möjligt att spåra tillbaka uttrycket av miRNA till den enskilda celler det kommer ifrån.

I detta examensarbete har ett protokoll för spatiellt upplöst expressionsanalys av miRNA utvärderats på chip utan unika positionssekvenser. Studien utfördes på ett modellsystem, luktbukb från mus, och inkluderar nya strategier för att fånga miRNA på yta och bibliotekspreparation.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2015.
Nyckelord [en]
micro-RNA, tissue, single cell, spatial, sequencing
Nationell ämneskategori
Teknik och teknologier
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-175387OAI: oai:DiVA.org:kth-175387DiVA, id: diva2:860677
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2015-10-13 Skapad: 2015-10-13 Senast uppdaterad: 2022-06-23Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Av organisationen
Skolan för bioteknologi (BIO)
Teknik och teknologier

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 90 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf