Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers
KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Fysik, Teoretisk biologisk fysik.ORCID-id: 0000-0001-6363-2521
KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Fysik, Teoretisk biologisk fysik.ORCID-id: 0000-0003-0603-5514
Visa övriga samt affilieringar
2015 (Engelska)Ingår i: SoftwareX, E-ISSN 2352-7110, Vol. 1-2, s. 19-25Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

GROMACS is one of the most widely used open-source and free software codes in chemistry, used primarily for dynamical simulations of biomolecules. It provides a rich set of calculation types, preparation and analysis tools. Several advanced techniques for free-energy calculations are supported. In version 5, it reaches new performance heights, through several new and enhanced parallelization algorithms. These work on every level; SIMD registers inside cores, multithreading, heterogeneous CPU–GPU acceleration, state-of-the-art 3D domain decomposition, and ensemble-level parallelization through built-in replica exchange and the separate Copernicus framework. The latest best-in-class compressed trajectory storage format is supported.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Elsevier, 2015. Vol. 1-2, s. 19-25
Nyckelord [en]
Molecular dynamics, GPU, SIMD, Free energy
Nationell ämneskategori
Fysik
Forskningsämne
Kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-248468DOI: 10.1016/j.softx.2015.06.001Scopus ID: 2-s2.0-84946416234OAI: oai:DiVA.org:kth-248468DiVA, id: diva2:1303357
Anmärkning

QC 20190429

Tillgänglig från: 2019-04-09 Skapad: 2019-04-09 Senast uppdaterad: 2019-04-29Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1990 kB)72 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1990 kBChecksumma SHA-512
ecb6e9365458c96d86282032672035b8e4100d4f95736cf3623f7d293f78e04de01161ca66cf943b4b5df95e5b384b23cd857f4ef8aeee130354de187ed77768
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopushttp://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352711015000059

Personposter BETA

Abraham, Mark JamesPall, SzilardHess, BerkLindahl, Erik

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Abraham, Mark JamesPall, SzilardHess, BerkLindahl, Erik
Av organisationen
Science for Life Laboratory, SciLifeLabTeoretisk biologisk fysik
I samma tidskrift
SoftwareX
Fysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 72 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 802 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf