Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
GROMACS-the road ahead
KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Teoretisk fysik, Beräkningsbiofysik.ORCID-id: 0000-0002-7498-7763
2011 (Engelska)Ingår i: WIRES COMPUT MOL SCI, ISSN 1759-0876, Vol. 1, nr 5, s. 710-715Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Molecular dynamics (MD) simulations form a powerful tool that is complementary to experiments and theory. They allow detailed investigations of both biological and chemical systems at the atomic level at timescales ranging from femtoseconds to milliseconds. Mechanisms and processes not accessible to experimental techniques can be followed in 'real time', and hypotheses based on experiments or theoretical arguments can be tested. Limits on the accuracy of results are mainly due to the physical models, the ratio of the complexity of the problem and the amount of computer time. Here, we review the state of the art in MD simulations with a focus on imminent challenges for the GROMACS (GROningen MAchine for Chemical Simulation) software. New hardware puts new requirements on software, while the breadth of applications and the amount of physical models implemented are increasing rapidly, highlighting shortcomings in the architecture of the programs. We sketch a road map for a popular scientific software package and discuss some of the choices to be made.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Wiley , 2011. Vol. 1, nr 5, s. 710-715
Nationell ämneskategori
Annan fysik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-48523DOI: 10.1002/wcms.50ISI: 000296005100005Scopus ID: 2-s2.0-84855642902OAI: oai:DiVA.org:kth-48523DiVA, id: diva2:458723
Forskningsfinansiär
Swedish e‐Science Research Center
Anmärkning

QC 20111123

Tillgänglig från: 2011-11-23 Skapad: 2011-11-21 Senast uppdaterad: 2016-04-20Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Personposter BETA

Hess, Berk

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Hess, Berk
Av organisationen
Beräkningsbiofysik
Annan fysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 76 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf