Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Copernicus: A new paradigm for parallel adaptive molecular dynamics
KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Teoretisk fysik, Beräkningsbiofysik. (Erik Lindahl)
Stockholm University.
KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Teoretisk fysik, Beräkningsbiofysik. (Erik Lindahl)
Visa övriga samt affilieringar
2011 (Engelska)Ingår i: Proceedings of 2011 SC - International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis, 2011, s. 60-Konferensbidrag, Publicerat paper (Refereegranskat)
Abstract [en]

Biomolecular simulation is a core application on supercomputers, but it is exceptionally difficult to achieve the strong scaling necessary to reach biologically relevant timescales. Here, we present a new paradigm for parallel adaptive molecular dynamics and a publicly available implementation: Copernicus. This framework combines performance-leading molecular dynamics parallelized on three levels (SIMD, threads, and message-passing) with kinetic clustering, statistical model building and real-time result monitoring. Copernicus enables execution as single parallel jobs with automatic resource allocation. Even for a small protein such as villin (9,864 atoms), Copernicus exhibits near-linear strong scaling from 1 to 5,376 AMD cores. Starting from extended chains we observe structures 0.6 Å from the native state within 30h, and achieve sufficient sampling to predict the native state without a priori knowledge after 80-90h. To match Copernicus'efficiency, a classical simulation would have to exceed 50 microseconds per day, currently infeasible even with custom hardware designed for simulations.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2011. s. 60-
Nationell ämneskategori
Teoretisk kemi Biofysik
Forskningsämne
SRA - E-vetenskap (SeRC)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-79168DOI: 10.1145/2063384.2063465Scopus ID: 2-s2.0-83155193238ISBN: 9781450307710 (tryckt)OAI: oai:DiVA.org:kth-79168DiVA, id: diva2:495189
Konferens
2011 International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis, SC11; Seattle, WA; 12 November 2011 through 18 November 2011
Forskningsfinansiär
Swedish e‐Science Research Center
Anmärkning
QC 20120223Tillgänglig från: 2012-02-08 Skapad: 2012-02-08 Senast uppdaterad: 2012-02-23Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Personposter BETA

Hess, BerkLindahl, Erik

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Pronk, SanderLarsson, PerPouya, ImanHess, BerkLindahl, Erik
Av organisationen
Beräkningsbiofysik
Teoretisk kemiBiofysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
isbn
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
isbn
urn-nbn
Totalt: 130 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf