Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Improving Parallel Performance of FEniCS Finite Element Computations by Hybrid MPI/PGAS
KTH, Skolan för datavetenskap och kommunikation (CSC), High Performance Computing and Visualization (HPCViz).ORCID-id: 0000-0002-5020-1631
KTH, Skolan för datavetenskap och kommunikation (CSC), High Performance Computing and Visualization (HPCViz).ORCID-id: 0000-0003-4256-0463
(Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

We present our work on developing a hybrid parallel programming model for a general finite element solver. The main focus of our work is to demonstrate that legacy codes with high latency, two-sided communication in the form of message passing can be improved using lightweight one-sided communication. We introduce a new hybrid MPI/PGAS implementation of the open source general finite element framework FEniCS, replacing the linear algebra backend (PETSc) with a new library written in UPC. A detailed description of the linear algebra backend implementation and the hybrid interface to FEniCS is given. We also present a detailed analysis of the performance of this hybrid solver on the Cray XE6 Lindgren at PDC/KTH including a comparison with the MPI only implementation, where we find that the hybrid implementation results in significant improvements in performance of the solver.

Nationell ämneskategori
Beräkningsmatematik Datavetenskap (datalogi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-125617OAI: oai:DiVA.org:kth-125617DiVA, id: diva2:640285
Anmärkning

QS 2013

Tillgänglig från: 2013-08-13 Skapad: 2013-08-13 Senast uppdaterad: 2018-01-11Bibliografiskt granskad
Ingår i avhandling
1. High Performance Adaptive Finite Element Methods: With Applications in Aerodynamics
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>High Performance Adaptive Finite Element Methods: With Applications in Aerodynamics
2013 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

The massive computational cost for resolving all scales in a turbulent flow makes a direct numerical simulation of the underlying Navier-Stokes equations impossible in most engineering applications. Recent advances in adaptive finite element methods offer a new powerful tool in Computational Fluid Dynamics (CFD). The computational cost for simulating turbulent flow can be minimized by adaptively resolution of the mesh, based on a posteriori error estimation. Such adaptive methods have previously been implemented for efficient serial computations, but the extension to an efficient parallel solver is a challenging task. This work concerns the development of an adaptive finite element method that enables efficient computation of time resolved approximations of turbulent flow for complex geometries with a posteriori error control. We present efficient data structures and data decomposition methods for distributed unstructured tetrahedral meshes. Our work also concerns an efficient parallelization of local mesh refinement methods such as recursive longest edge bisection, and the development of an a priori predictive dynamic load balancing method, based on a weighted dual graph. We also address the challenges of emerging supercomputer architectures with the development of new hybrid parallel programming models, combining traditional message passing with lightweight one-sided communication. Our implementation has proven to be both general and efficient, scaling up to more than twelve thousands cores.

Abstract [sv]

Den höga beräkningskostnaden för att lösa upp alla turbulenta skalor för ett realistiskt problem gör en direkt numerisk simulering av Navier-Stokes ekvationer omöjlig. De senaste framstegen inom adaptiva finita element metoder ger ett nytt kraftfullt verktyg inom Computational Fluid Dynamics (CFD). Beräkningskostnaden för en simulering av turbulent flöde kan minimeras genom att beräkningsnätet adaptivt förfinas baserat på en a posteriori feluppskattning. Dessa adaptiva metoder har tidigare implementerats för seriella beräkningar, medan en effektiv parallellisering av metoden inte är trivial. I denna avhandling presenterar vi vår utveckling av en adaptiv finita element lösare, anpassad för att effektivt beräkna tidsupplösta approximationer i komplicerade geometrier med a posteriori felkontroll. Effektiva datastrukturer och metoder för ostrukturerade beräkningsnät av tetrahedrar presenteras. Avhandlingen behandlar även effektiv parallellisering av lokala nätförfiningsmetoder, exempelvis recursive longest edge bisection. Även lastbalanseringsproblematiken behandlas, där problemet lösts genom utvecklandet av en prediktiv dynamisk lastbalanseringsmetod, baserad på en viktad dualgraf av beräkningsnätet. Slutligen avhandlas även problematiken med att effektivt utnyttja nytillkomna superdatorarkitekturer, genom utvecklandet av en hybrid parallelliserings modell som kombinerar traditionell meddelande baserad parallellisering med envägskommunikation. Detta har resulterat i en generell samt effektiv implementation med god skalning upp till fler än tolv tusen processorkärnor.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Stockholm: KTH Royal Institute of Technology, 2013. s. xii, 50
Serie
TRITA-CSC-A, ISSN 1653-5723 ; 2013:07
Nationell ämneskategori
Beräkningsmatematik
Identifikatorer
urn:nbn:se:kth:diva-125742 (URN)978-91-7501-814-0 (ISBN)
Disputation
2013-09-11, F3, Lindstedtsvägen 26, KTH, Stockholm, 10:15 (Engelska)
Opponent
Handledare
Anmärkning

QC 20130816

Tillgänglig från: 2013-08-16 Skapad: 2013-08-13 Senast uppdaterad: 2016-02-02Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Personposter BETA

Jansson, NiclasHoffman, Johan

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Jansson, NiclasHoffman, Johan
Av organisationen
High Performance Computing and Visualization (HPCViz)
BeräkningsmatematikDatavetenskap (datalogi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 331 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf