Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
HiRIEF LC-MSMS enables deep proteome coverage and unbiased proteogenomics
Visa övriga samt affilieringar
2014 (Engelska)Ingår i: Nature Methods, ISSN 1548-7091, E-ISSN 1548-7105, Vol. 11, nr 1, s. 59-Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

We present a liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MSMS)-based method permitting unbiased (gene prediction-independent) genome-wide discovery of protein-coding loci in higher eukaryotes. Using high-resolution isoelectric focusing (HiRIEF) at the peptide level in the 3.7-5.0 pH range and accurate peptide isoelectric point (pI) prediction, we probed the six-reading-frame translation of the human and mouse genomes and identified 98 and 52 previously undiscovered protein-coding loci, respectively. The method also enabled deep proteome coverage, identifying 13,078 human and 10,637 mouse proteins.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2014. Vol. 11, nr 1, s. 59-
Nyckelord [en]
Tandem Mass-Spectra, Peptide Identification, Human Genome, Gene, Fractionation, Spectrometry, Pseudogenes, Annotation, Landscape, Dynamics
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-140375DOI: 10.1038/NMETH.2732ISI: 000329178200027Scopus ID: 2-s2.0-84894619287OAI: oai:DiVA.org:kth-140375DiVA, id: diva2:690403
Forskningsfinansiär
VetenskapsrådetCancerfondenEU, FP7, Sjunde ramprogrammet, GlycoHitScience for Life Laboratory - a national resource center for high-throughput molecular bioscienceSwedish e‐Science Research Center
Anmärkning

QC 20140123

Tillgänglig från: 2014-01-23 Skapad: 2014-01-23 Senast uppdaterad: 2017-12-06Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Personposter BETA

Käll, Lukas

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Käll, Lukas
Av organisationen
GenteknologiScience for Life Laboratory, SciLifeLabSeRC - Swedish e-Science Research Centre
I samma tidskrift
Nature Methods
Biokemi och molekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 288 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf