Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
SAXS-Guided Metadynamics
KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Teoretisk fysik, Beräkningsbiofysik. KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Stockholm University, Sweden.ORCID-id: 0000-0002-2734-2794
Vise andre og tillknytning
2015 (engelsk)Inngår i: Journal of Chemical Theory and Computation, ISSN 1549-9618, E-ISSN 1549-9626, Vol. 11, nr 7, s. 3491-3498Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
Abstract [en]

The small-angle X-ray scattering (SAXS) methodology enables structural characterization of biological macromolecules in solution. However, because SAXS provides low-dimensional information, several potential structural configurations can reproduce the experimental scattering profile, which severely complicates the structural refinement process. Here, we present a bias-exchange metadynamics refinement protocol that incorporates SAXS data as collective variables and therefore tags all possible configurations with their corresponding free energies, which allows identification of a unique structural solution. The method has been implemented in PLUMED and combined with the GROMACS simulation package, and as a proof of principle, we explore the Trp-cage protein folding landscape.

sted, utgiver, år, opplag, sider
2015. Vol. 11, nr 7, s. 3491-3498
HSV kategori
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-172178DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00299ISI: 000358104800057Scopus ID: 2-s2.0-84949671194OAI: oai:DiVA.org:kth-172178DiVA, id: diva2:846615
Merknad

QC 20150817

Tilgjengelig fra: 2015-08-17 Laget: 2015-08-14 Sist oppdatert: 2018-01-11bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

fulltext(4591 kB)47 nedlastinger
Filinformasjon
Fil FULLTEXT01.pdfFilstørrelse 4591 kBChecksum SHA-512
90b547003530019deaf63691275fd4b136b967e5c55ddef544d41ca462129abc18db7a267fd0ab96412789bee6b820d2abb0b5701a6a1449422ce6d4d71797b4
Type fulltextMimetype application/pdf

Andre lenker

Forlagets fulltekstScopus

Personposter BETA

Lindahl, ErikAndersson, Magnus

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Lindahl, ErikAndersson, Magnus
Av organisasjonen
I samme tidsskrift
Journal of Chemical Theory and Computation

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 47 nedlastinger
Antall nedlastinger er summen av alle nedlastinger av alle fulltekster. Det kan for eksempel være tidligere versjoner som er ikke lenger tilgjengelige

doi
urn-nbn

Altmetric

doi
urn-nbn
Totalt: 239 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf