Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Temperature Dependence of Hydroxymethyl Group Rotamer Populations in Cellooligomers
KTH, Skolan för kemivetenskap (CHE), Fiber- och polymerteknologi. KTH, Skolan för kemivetenskap (CHE), Centra, Wallenberg Wood Science Center.
KTH, Skolan för kemivetenskap (CHE), Fiber- och polymerteknologi. KTH, Skolan för kemivetenskap (CHE), Centra, Wallenberg Wood Science Center.
KTH, Skolan för kemivetenskap (CHE), Fiber- och polymerteknologi. KTH, Skolan för kemivetenskap (CHE), Centra, Wallenberg Wood Science Center.
Visa övriga samt affilieringar
2015 (Engelska)Ingår i: Journal of Physical Chemistry B, ISSN 1520-6106, E-ISSN 1520-5207, Vol. 119, nr 30, s. 9559-9570Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Empirical force fields for computer simulations of carbohydrates are often implicitly assumed to be valid also at temperatures different from room temperature for which they were optimited: Herein, the temperature dependence of the hydroxymethyl group rotamer populations in short oligogaccharides is invegtigated using Molecular dynamics simulations and NMR spectroscopy. Two oligosaccharides, methyl beta-cellobioside and beta-cellotetraose were simulated using three different carbohydrate force fields (CHARMM C35, GLYCAM06, and GROMOS 56A(carbo)) in combination with different water models (SPC, SPC/E, and TIP3P) using replica exchange molecular dynamics simulations. For comparison, hydroxymethyl group rotamer populations were investigated for methyl beta-cellobioside and cellopentaose based- on measured NMR (3)J(H5,H6) coupling constants, in the latter case by using a chemical shift selective NMR-filter. Molecular dynamics simulations in combination with NMR spectroscopy show that the temperature dependence of the hydroxymethyl rotamer population in these short cellooligomers, in the range 263-344 K, generally becomes exaggerated in simulations when compared to experimental data, but also that it is dependent on simulation conditions, and most notably properties of the water model.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2015. Vol. 119, nr 30, s. 9559-9570
Nationell ämneskategori
Kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-173161DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b02866ISI: 000359031400009Scopus ID: 2-s2.0-84938251537OAI: oai:DiVA.org:kth-173161DiVA, id: diva2:854694
Forskningsfinansiär
VetenskapsrådetKnut och Alice Wallenbergs StiftelseStiftelsen för strategisk forskning (SSF)
Anmärkning

QC 20150917

Tillgänglig från: 2015-09-17 Skapad: 2015-09-07 Senast uppdaterad: 2017-12-04Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Personposter BETA

Wohlert, Jakob

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Sjöberg, Nils A.Vasiljeva, PolinaLindman, JonasBergenstråhle-Wohlert, MalinWohlert, Jakob
Av organisationen
Fiber- och polymerteknologiWallenberg Wood Science Center
I samma tidskrift
Journal of Physical Chemistry B
Kemi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 122 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf