Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Accelerating electrostatic interaction calculations with graphical processing units based on new developments of ewald method using non-uniform fast fourier transform
KTH, Skolan för industriell teknik och management (ITM), Maskinkonstruktion (Inst.). KTH, Skolan för kemivetenskap (CHE), Kemi, Tillämpad fysikalisk kemi.
Visa övriga samt affilieringar
2016 (Engelska)Ingår i: Journal of Computational Chemistry, ISSN 0192-8651, E-ISSN 1096-987X, Vol. 37, nr 3, s. 378-387Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Resurstyp
Text
Abstract [en]

We present new algorithms to improve the performance of ENUF method (F. Hedman, A. Laaksonen, Chem. Phys. Lett. 425, 2006, 142) which is essentially Ewald summation using Non-Uniform FFT (NFFT) technique. A NearDistance algorithm is developed to extensively reduce the neighbor list size in real-space computation. In reciprocal-space computation, a new algorithm is developed for NFFT for the evaluations of electrostatic interaction energies and forces. Both real-space and reciprocal-space computations are further accelerated by using graphical processing units (GPU) with CUDA technology. Especially, the use of CUNFFT (NFFT based on CUDA) very much reduces the reciprocal-space computation. In order to reach the best performance of this method, we propose a procedure for the selection of optimal parameters with controlled accuracies. With the choice of suitable parameters, we show that our method is a good alternative to the standard Ewald method with the same computational precision but a dramatically higher computational efficiency.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Wiley-Blackwell, 2016. Vol. 37, nr 3, s. 378-387
Nyckelord [en]
electrostatic interaction calculation, ewald summation, GPU, non-uniform FFT
Nationell ämneskategori
Kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-180961DOI: 10.1002/jcc.24250ISI: 000367385000007PubMedID: 26584145OAI: oai:DiVA.org:kth-180961DiVA, id: diva2:898841
Anmärkning

QC 20160129

Tillgänglig från: 2016-01-29 Skapad: 2016-01-26 Senast uppdaterad: 2017-11-30Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Wang, Yong-Lei
Av organisationen
Maskinkonstruktion (Inst.)Tillämpad fysikalisk kemi
I samma tidskrift
Journal of Computational Chemistry
Kemi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 34 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf