kth.sePublications
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Sample-to-answer COVID-19 nucleic acid testing using a low-cost centrifugal microfluidic platform with bead-based signal enhancement and smartphone read-out
KTH, Centres, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. KTH, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health (CBH), Protein Science, Nano Biotechnology.ORCID iD: 0000-0001-5958-5232
KTH, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health (CBH), Protein Science, Nano Biotechnology. KTH, Centres, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID iD: 0000-0002-4560-4735
KTH, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health (CBH), Protein Science, Nano Biotechnology. KTH, Centres, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID iD: 0000-0002-9714-4742
KTH, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health (CBH), Protein Science, Nano Biotechnology. KTH, Centres, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Show others and affiliations
2021 (English)In: Lab on a Chip, ISSN 1473-0197, E-ISSN 1473-0189, Vol. 21, no 15, p. 2932-2944Article in journal (Refereed) Published
Abstract [en]

With its origin estimated around December 2019 in Wuhan, China, the ongoing SARS-CoV-2 pandemic is a major global health challenge. The demand for scalable, rapid and sensitive viral diagnostics is thus particularly pressing at present to help contain the rapid spread of infection and prevent overwhelming the capacity of health systems. While high-income countries have managed to rapidly expand diagnostic capacities, such is not the case in resource-limited settings of low- to medium-income countries. Aiming at developing cost-effective viral load detection systems for point-of-care COVID-19 diagnostics in resource-limited and resource-rich settings alike, we report the development of an integrated modular centrifugal microfluidic platform to perform loop-mediated isothermal amplification (LAMP) of viral RNA directly from heat-inactivated nasopharyngeal swab samples. The discs were pre-packed with driedn-benzyl-n-methylethanolamine modified agarose beads used to selectively remove primer dimers, inactivate the reaction post-amplification and allowing enhanced fluorescence detectionviaa smartphone camera. Sample-to-answer analysis within 1 hour from sample collection and a detection limit of approximately 100 RNA copies in 10 μL reaction volume were achieved. The platform was validated with a panel of 162 nasopharyngeal swab samples collected from patients with COVID-19 symptoms, providing a sensitivity of 96.6% (82.2-99.9%, 95% CI) for samples with Ct values below 26 and a specificity of 100% (90-100%, 95% CI), thus being fit-for-purpose to diagnose patients with a high risk of viral transmission. These results show significant promise towards bringing routine point-of-care COVID-19 diagnostics to resource-limited settings.

Place, publisher, year, edition, pages
Royal Society of Chemistry (RSC) , 2021. Vol. 21, no 15, p. 2932-2944
Keywords [en]
Alkanolamines, Centrifugation, Cost effectiveness, Costs, Diagnosis, Diseases, RNA, Smartphones, Centrifugal microfluidic platform, Detection limits, Enhanced fluorescence, Loop mediated isothermal amplifications, Reaction volume, Sample collection, Signal enhancement, Smart-phone cameras, Microfluidics, virus RNA, genetics, human, molecular diagnosis, nucleic acid amplification, sensitivity and specificity, smartphone, COVID-19, COVID-19 Testing, Humans, Molecular Diagnostic Techniques, Nucleic Acid Amplification Techniques, RNA, Viral, SARS-CoV-2
National Category
Biochemistry Molecular Biology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:kth:diva-310712DOI: 10.1039/d1lc00266jISI: 000660081900001PubMedID: 34114589Scopus ID: 2-s2.0-85111431890OAI: oai:DiVA.org:kth-310712DiVA, id: diva2:1651835
Note

QC 20221101

Available from: 2022-04-13 Created: 2022-04-13 Last updated: 2025-02-20Bibliographically approved
In thesis
1. Centrifugal microfluidics-based point of care diagnostics at resource limited settings
Open this publication in new window or tab >>Centrifugal microfluidics-based point of care diagnostics at resource limited settings
2023 (English)Doctoral thesis, comprehensive summary (Other academic)
Abstract [en]

Advancements in medical diagnostics have allowed us to understand the underlying mechanism and treat the root cause for many diseases which had been causing morbidity and mortality up until this point in human history. Furthermore, many of the standard diagnostic procedures have now been transformed to provide answers at or near the point-of-care. However, the effects of these positive developments have not trickled down to the parts of our society which are considered underdeveloped and lack the necessary infrastructure and facilities. Diagnostics in such resource limited settings still lag behind and fail to provide the requisite healthcare. 

In order to translate the diagnostic solutions designed for central laboratories to resource limited settings, there are certain challenges that need to be addressed, such as portability, reduction in cost and ease-of-use, while keeping the sensitivity and specificity at the required level. The work presented in this thesis focuses on addressing some of these issues by using microfluidics to develop diagnostic platforms that are suitable to be used in resource limited settings. 

In paper I, a very low-cost and simple centrifugal microfluidic platform was developed to be used in settings which do not have a reliable supply of electricity. The platform uses a smartphone as a source of power and the sensors of the phone for speed control.

In paper II, a portable and low-cost diagnostic platform was developed for multiplexed detection of biomarkers based on centrifugal microfluidics. The platform uses colorimetric detection and a simple readout method which does not require a spectrophotometer for quantification.

In paper III, a platform was developed for COVID-19 diagnostics which combines centrifugal microfluidics with a novel bead-based strategy for signal enhancement. The platform uses fluorescent detection with a smartphone readout and has the capability to process up to 20 samples at the same time.

In paper IV, as a follow up of paper III, a more advanced platform was developed for COVID-19 diagnostics which allows the operator to carry out nucleic acid amplification in a completely automated manner, from adding the sample to getting the final result.

In paper V, an alternative method for detection of SARS-CoV-2 was developed using electrochemical biosensing. This work combines the electrochemical technique with a flexible printed circuit board for a rapid, amplification-free and label-free detection of target SARS-CoV-2 sequences.

Abstract [sv]

Framsteg inom medicinsk diagnostik har gjort det möjligt att förstå och behandla många sjukdomar som tidigare varit en betydande orsak till dödlighet. Trots framstegen har inte alla delar av samhället haft tillgång dessa diagnostiska verktyg på samma sätt, särskilt i resursbegränsade miljöer i låg- och medelinkomstländer. Detta har lett till en ojämlik tillgång till sjukvård. Den senaste utvecklingen inom mikrofluidik möjliggör utveckling av så kallade patientnära analysverktyg till en fraktion av kostnaderna i traditionella labb-baserade tester. För applikationer i resursbegränsade miljöer krävs diagnostiska lösningar som är portabla, kostnadseffektiva och användarvänliga samtidigt som de har hög känslighet och specificitet. I denna avhandling har vi jobbat med framtagande av mikrofluidik-baserade diagnostiska plattformar som är lämpliga för resursbegränsade miljöer. Syftet är att kunna göra avancerade tester på platser där sjukvårdstjänster tidigare varit otillgängliga eller kostsamma att etablera. För att lösa de tekniska utmaningarna har flera nya tekniker utvecklats, bland annat en centrifugalmikrofluidik-baserad plattform.

Centrifugalmikrofluidik är en teknik för att hantera små mängder vätskor med hjälp av en roterande skiva, liknande CD/DVD skivor men i detta fall finns det mikrofluidiska kanaler mönstrade i skivan för att möjliggöra analys. När skivan roterar skapas centrifugalkraft som används för att flytta och manipulera vätskor i dessa kanaler för att utföra ett antal steg som är nödvändiga för att göra bioanalys av olika prover. Det finns olika applikationer för denna teknik inom biologi och vi har utvecklat olika typer av metoder i denna avhandling. I ett av projekten kombinerade vi centrifugalmikrofluidik med en mobiltelefon för att utveckla en diagnostisk plattform som använde mobiltelefonen som strömkälla, analysering av provresultat samt som sensor för att kontrollera rotationshastigheten av rotorn som driver disken med analysen. Dessutom använde vi oss av pappkartong för att montera rotorn och skivan där tanken är att slutanvändaren ska kunna montera ihop och använda en mobiltelefon för att utföra analysen i fältet. En annan plattform använde kolorimetrisk detektion av proteiner och en enkel avläsningsmetod integrerad på plattformen, som inte krävde en spektrofotometer för kvantifiering av proteinmängden på skivan. I ett tredje projekt utvecklades en plattform för COVID-19-diagnostik som kombinerade centrifugalmikrofluidik där skivan inkorporerar agaroskulor för signalförstärkning av nukleinsyror. Denna plattform använde fluorescensdetektion med avläsning av en smartphone. Skivan analyserar upp till 20 prover från COVID-19 patienter samtidigt och resultatet kan avläsas av en smartphone och hade förmågan att behandla upp till 20 prover samtidigt. Vi har vidareutvecklat metoden där vi inkorporerat en kamera istället för mobiltelefon för att automatisera bildanalysen och vi planerar att testa metoden på fält i olika länder i sub-Sahara Afrika inom en snar framtid. Slutligen utvecklades en alternativ metod för detektion av SARS-CoV-2 med hjälp av elektrokemisk biosensing. Denna metod använde ett flexibelt kretskort för en snabb detektion av SARS-CoV-2.

Sammanfattningsvis har vi inom denna avhandling utvecklat ett antal patientnära analysmetoder som riktar in sig på utmaningarna i resursbegränsade miljöer. Det är viktigt att utvecklar tekniker som kan användas i dessa miljöer, där infrastruktur och faciliteter är begränsade eller saknas helt. Med hjälp av den senaste teknikutvecklingen inom mikrofluidik tror vi att det är fullt möjligt att utveckla diagnostiska plattformar som är kostnadseffektiva och användas där de behövs som bäst, på ett innovativt sätt.

Place, publisher, year, edition, pages
Stockholm: KTH Royal Institute of Technology, 2023. p. 109
Series
TRITA-CBH-FOU ; 2023:13
Keywords
microfluidics, centrifugal microfluidics, point-of-care, low-cost, diagnostics, agarose beads, immunoassays, colorimetry, fluorescence, cytokines, nucleic acid amplification, isothermal amplification, COVID-19, portable, smartphone, resource limited settings.
National Category
Medical Biotechnology (with a focus on Cell Biology (including Stem Cell Biology), Molecular Biology, Microbiology, Biochemistry or Biopharmacy)
Research subject
Biotechnology
Identifiers
urn:nbn:se:kth:diva-326477 (URN)978-91-8040-563-8 (ISBN)
Public defence
2023-05-25, Air&Fire, Tomtebodavägen 23, Science for Life Laboratory, via Zoom: https://kth-se.zoom.us/j/65716686310, Stockholm, 13:00 (English)
Opponent
Supervisors
Note

QC 2023-05-03

Available from: 2023-05-03 Created: 2023-05-02 Last updated: 2023-05-15Bibliographically approved

Open Access in DiVA

No full text in DiVA

Other links

Publisher's full textPubMedScopus

Authority records

Soares, Ruben R. G.Akhtar, Ahmad SaleemPinto, Ines FernandesLapins, NoaRussom, Aman

Search in DiVA

By author/editor
Soares, Ruben R. G.Akhtar, Ahmad SaleemPinto, Ines FernandesLapins, NoaPelechano, VicentRussom, Aman
By organisation
Science for Life Laboratory, SciLifeLabNano Biotechnology
In the same journal
Lab on a Chip
BiochemistryMolecular Biology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetric score

doi
pubmed
urn-nbn
Total: 49 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf