Metabolic studies of a Thermophilic bacterium
2022 (English)Independent thesis Advanced level (degree of Master (Two Years)), 20 credits / 30 HE credits
Student thesisAlternative title
Metabolisk studie av en termofil bakterie (Swedish)
Abstract [sv]
Syftet med det här examensarbetet var att ta fram en definerad version av ett rikt, complex kultiveringsmedium för Geobacillus LC300, utveckla och validera ett minimalmedium för G. LC300, samt att bestämma tillväxtparametrar som sedan kan användas till att simulera metaboliska flöden i en intern modell vi har på avdelningen. I projektet ingick det också att identifiera essentiella aminosyror och vitaminer då ingen tidigare kunskap fanns angående detta och informationen behövdes för att utveckla minimalmediet. I det här projektet så undersöktes 20 aminosyror och 10 vitaminer, och vitamin B12 var identifierad som det enda essentiella näringsämnet av dessa som LC300. I det här projektet definierade vi det rika tillväxtmediet genom att ta bort jästextrakt från receptet. Dessutom framställdes ett minimalmedium innehållandes xylose (kolkälla), ammoniumklorid (kvävekälla), vitamin B12, salter, och TRIS-HCl, som framgångsrikt validerades i fyra olika bioreaktorsodlingar. Det nya, definierade minimalmediet kommer bidra till ökad förståelse för G. LC300 metabolism, då det möjliggör framtida kvantitativa studier och in-silico modellering för G. LC300
Abstract [en]
The main goals of this master thesis project were to make a defined version of a rich, complex growth medium for Geobacillus LC300, to develop and validate a minimal growth medium for G. LC300, and to determine growth parameters which subsequentially could be used in the in-house model of LC300 to simulate metabolic fluxes in the organism. Since no prior knowledge exist regarding essential amino acids or vitamins for LC300, the project also needed to identify these to develop a minimal medium. In this project, the essentiality of 20 amino acids and 10 vitamins were tested, and vitamin B12 was identified as the only essential nutrient that LC300 couldn’t synthesize itself. A defined version of the rich growth medium was achieved removing yeast extract from the recipe. Furthermore, the master thesis project successfully designed a minimal medium consisting of xylose (carbon source), ammonium chloride (nitrogen source), vitamin B12, salts, and TRIS-HCl. The minimal growth medium for LC300 was successfully validated in four different reactor cultivations. The new, defined minimal medium design will contribute to better understanding of the metabolism, as it enables future quantitative studies and In-silico modelling for G. LC300.
Place, publisher, year, edition, pages
2022.
Series
TRITA-CBH-GRU ; 2022:183
Keywords [en]
Thermophile, bacterium, metabolism, fast-growing, xylose, metabolic study, minimal medium
Keywords [sv]
Termofil, bakterie, metabolism, snabbväxande, xylos, metabolisk studie, minimalmedium
National Category
Industrial Biotechnology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:kth:diva-314457OAI: oai:DiVA.org:kth-314457DiVA, id: diva2:1672956
Subject / course
Biotechnology
Educational program
Master of Science - Industrial and Environmental Biotechnology
Examiners
2022-06-202022-06-202022-06-25