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The Role of Buffer, Pyridoxal 5'-phosphate and Light on the Stability of the Silicibacter Pomeroyi Transaminase
KTH, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health (CBH), Industrial Biotechnology. KTH, School of Biotechnology (BIO), Centres, Albanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova. ViaZym B.V., 2629JD Delft (The, Netherlands.ORCID iD: 0000-0001-8878-0248
KTH, School of Engineering Sciences in Chemistry, Biotechnology and Health (CBH), Industrial Biotechnology. KTH, School of Biotechnology (BIO), Centres, Albanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova.ORCID iD: 0000-0002-9577-832X
2022 (English)In: ChemCatChem, ISSN 1867-3880, E-ISSN 1867-3899, Vol. n/a, no n/aArticle in journal (Refereed) Published
Abstract [en]

Transaminases are pyridoxal 5’-phosphate (PLP)-dependent enzymes that transfer amino-functions. The transaminase from Silicibacter pomeroyi (SpATA) exhibits a broad substrate spectrum. In this work we examined the effect of different conditions (light, buffer and PLP-concentration) on the stability of SpATA, as well as the causes for these effects. The enzyme was stored either in TRIS or CHES with 0–10 mM added PLP at 22 °C. The samples were either kept dark or they were exposed to light. The results show that invariably, all samples kept in darkness exhibited longer half-life times than the ones exposed to light. An increase in the half-life from 8 h to 720 h could be achieved solely by keeping the sample dark. Especially samples in CHES buffer inactivated faster in light the more PLP was present, due to the degradation of PLP. In TRIS however, an imine-bond between TRIS and PLP protects PLP from degradation.

Place, publisher, year, edition, pages
Wiley , 2022. Vol. n/a, no n/a
Keywords [en]
amine transaminase, enzyme stability, pyridoxal-5'-phosphate, biocatalysis, light inactivation
National Category
Biochemistry and Molecular Biology Biocatalysis and Enzyme Technology
Research subject
Biotechnology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:kth:diva-322508DOI: 10.1002/cctc.202201174ISI: 000894188100001Scopus ID: 2-s2.0-85143484334OAI: oai:DiVA.org:kth-322508DiVA, id: diva2:1719994
Projects
Horizon 2020 MSCA INTERfaces
Funder
EU, Horizon 2020, 860414
Note

QC 20221221

Available from: 2022-12-16 Created: 2022-12-16 Last updated: 2024-09-02Bibliographically approved
In thesis
1. Investigation of transaminase-based synthesis of furfurylamines
Open this publication in new window or tab >>Investigation of transaminase-based synthesis of furfurylamines
2024 (English)Doctoral thesis, comprehensive summary (Other academic)
Abstract [sv]

Biokatalys innebär en betydande möjlighet att förbättra hållbarheten inom den kemiska industrin. Att använda enzymer för kemisk produktion är helt i linje med principerna för grön kemi och möjliggör en snabb, selektiv och avfallssnål syntes av värdefulla föreningar. Transaminaser, i synnerhet, erbjuder potential för selektiv, hållbar och ekonomisk aminproduktion. Flera utmaningar hindrar dock deras bredare industriella tillämpning. Denna avhandling undersöker transaminaset från Silicibacter pomeroyi (SpATA) och hur dess tillämplighet kan förbättras. 

En kritisk utmaning för transaminaser är deras stabilitet, eftersom det dimeriska enzymet lätt kan dissocieras, vilket leder till en total förlust av funktionalitet. Olika faktorer som påverkar stabiliteten hos SpATA undersöktes, vilket visade att valet av buffert, kofaktorkoncentration och ljusexponering har en betydande inverkan på enzymets stabilitet. Genom att optimera dessa förhållanden förlängdes halveringstiden för SpATA till över 700 timmar.

För storskaliga tillämpningar är det viktigt att enzymerna kan återanvändas på grund av de höga kostnaderna för enzymproduktion. Därför immobiliserades SpATA, tillsammans med tre andra transaminaser, på en bärare, vilket gav utmärkt återanvändbarhet utan någon aktivitetsförlust. Dessutom var SpATA:s användning i en flödesreaktor framgångsrik, vilket ytterligare visar på dess industriella potential.

För att förbättra hållbarheten hos transaminasreaktionen undersöktes användningen av den ”smarta amindonatorn” kadaverin. Höga utbyten av föreningen HMFA uppnåddes med användning av ekvimolära mängder kadaverin och HMF. För att förbättra processens ekonomiska lönsamhet utvecklades en in-situ kaskadreaktion med lysindekarboxylas och SpATA för produktion av kadaverin.

Sammanfattningsvis presenterar denna avhandling utvecklingen av en stabil, återanvändbar biokatalysator som kan uppnå höga produktutbyten, vilket avsevärt främjar tillämpningen av transaminaser i hållbara industriella processer.

Abstract [en]

Biocatalysis presents a significant opportunity to enhance the sustainability of the chemical industry. Using enzymes for chemical production aligns closely with the principles of green chemistry, enabling a rapid, selective and low-waste synthesis of valuable compounds. Transaminases in particular offer the potential for selective, sustainable, and economical amine production. However, several challenges hinder their broader industrial application. This thesis investigates the transaminase from Silicibacter pomeroyi (SpATA) and how its applicability can be improved. 

A critical challenge for transaminases is their stability, as the dimeric enzyme can readily dissociate, leading to a total loss of functionality. Various factors influencing the stability of SpATA were examined, demonstrating that buffer choice, cofactor concentration, and light exposure significantly impact enzyme stability. Optimising these conditions extended the half-life of SpATA to over 700 hours.

For large-scale applications, enzyme reusability is essential due to the significant cost of enzyme production. Therefore, SpATA, along with three other transaminases, was immobilised on a carrier, achieving excellent reusability without any loss of activity over five reaction cycles. Additionally, SpATA's application in a flow-reactor was successful, further demonstrating its industrial potential.

To enhance the sustainability of the transaminase reaction, the use of the “smart amine donor” cadaverine was investigated. High yields of the compound HMFA were achieved using equimolar amounts of cadaverine and HMF. To improve the economic viability of the process, an in-situ cascade reaction involving lysine decarboxylase and SpATA was developed for cadaverine production.

In summary, this thesis presents the development of a stable, reusable biocatalyst capable of achieving high product yields, significantly advancing the application of transaminases in sustainable industrial processes.

Abstract [de]

Biokatalyse bietet eine große Chance, die Nachhaltigkeit der chemischen Industrie zu verbessern. Die Verwendung von Enzymen für die chemische Produktion steht in engem Einklang mit den Grundsätzen der Grünen Chemie und ermöglicht eine schnelle, selektive und abfallarme Synthese wertvoller Chemikalien. Insbesondere Transaminasen bieten das Potenzial für eine selektive, nachhaltige und wirtschaftliche Aminproduktion. Ihre breitere industrielle Anwendung wird jedoch durch verschiedene Herausforderungen behindert. Diese Arbeit untersucht die Transaminase von Silicibacter pomeroyi (SpATA) und wie ihre industrielle Anwendbarkeit verbessert werden kann. 

Eine kritische Herausforderung für Transaminasen ist ihre Stabilität, da das dimere Enzym leicht dissoziieren kann, was zu einem vollständigen Verlust der Funktionalität führt. Es wurden verschiedene Faktoren untersucht, die die Stabilität von SpATA beeinflussen. Dabei zeigte sich, dass die Wahl des Puffers, die Kofaktorkonzentration und die Lichtexposition die Stabilität des Enzyms erheblich beeinflussen. Durch die Optimierung dieser Bedingungen konnte die Halbwertszeit von SpATA auf über 700 Stunden verlängert werden.

Für großtechnische Anwendungen ist die Wiederverwendbarkeit des Enzyms aufgrund der erheblichen Kosten der Enzymproduktion von entscheidender Bedeutung. Daher wurde SpATA zusammen mit drei weiteren Transaminasen auf einem Träger immobilisiert, wodurch eine hervorragende Wiederverwendbarkeit ohne Aktivitätsverlust erreicht wurde. Außerdem wurde SpATA erfolgreich in einem Durchflussreaktor eingesetzt, was sein industrielles Potenzial weiter unter Beweis stellt.

Um die Nachhaltigkeit der Transaminase-Reaktion zu verbessern, wurde der Einsatz des „intelligenten Amin-Donors“ Cadaverin untersucht. Unter Verwendung äquimolarer Mengen von Cadaverin und HMF wurden hohe Ausbeuten der Verbindung HMFA erzielt. Um die Wirtschaftlichkeit des Prozesses zu verbessern, wurde eine In-situ-Kaskadenreaktion mit einer Lysin Decarboxylase und SpATA für die Cadaverinproduktion entwickelt.

Zusammenfassend wird in dieser Arbeit die Entwicklung eines stabilen, wiederverwendbaren Biokatalysators vorgestellt, mit dem hohe Produktausbeuten erzielt werden können und der die Anwendung von Transaminasen in nachhaltigen industriellen Prozessen erheblich voranbringt.

Place, publisher, year, edition, pages
KTH Royal Institute of Technology, 2024. p. 89
Series
TRITA-CBH-FOU ; 2024:27
Keywords
biocatalysis, transaminase, PLP, furfurylamines
National Category
Biocatalysis and Enzyme Technology
Research subject
Biotechnology
Identifiers
urn:nbn:se:kth:diva-352416 (URN)978-91-8106-034-8 (ISBN)
Public defence
2024-09-27, Kollegiesalen, Brinellvägen 8, via Zoom: https://kth-se.zoom.us/j/63781939217, Stockholm, 10:00 (English)
Opponent
Supervisors
Note

QC 2024-09-02

Available from: 2024-09-02 Created: 2024-09-02 Last updated: 2024-09-16Bibliographically approved

Open Access in DiVA

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Publisher's full textScopushttps://chemistry-europe.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/cctc.202201174

Authority records

Merz, Luisa M.Berglund, Per

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By author/editor
Merz, Luisa M.Berglund, Per
By organisation
Industrial BiotechnologyAlbanova VinnExcellence Center for Protein Technology, ProNova
In the same journal
ChemCatChem
Biochemistry and Molecular BiologyBiocatalysis and Enzyme Technology

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