The cell surface proteome is spatially dynamic and changes with the state of the cell, which in turn determines its activity in health and disease. Protein spatial architecture enables cell-cell communication, mobility, structure and immunological activities. To address these aspects, Pixelgen Technologies AB has developed Molecular Pixelation (MPX), an optics-free workflow for single cell analysis of immune cells which generates nanoscale spatial networks of proteins in 3D, bringing the next dimension in single-cell research. Moreover, MPX allows for deep phenotyping of immune cells, therefore providing a more profound understanding of cell biology, disease causing mechanisms and drug mode-of-action. The aim of this thesis project is to investigate/develop new sample-handling formats that could reduce the cell input number for MPX. Analyzing rare cell population, samples where the cell number is limited (for example, biobanked clinical samples and in-vitro organoid samples) and controlling the cell loss during the cell fixation steps are few of the problems faced while studying the cell surface proteome. Different consumables namely, tips with filters, coating of the PCR tubes with serum, microarrays, detergent and streptavidin-coated nanoparticles in combination with biotinylated secondary antibodies were used to overcome these issues. Amongst them, coating of the PCR tubes with serum and usage of streptavidin coated nanoparticles provided promising results.

Cellytproteomet är spatiellt dynamiskt och förändras med cellens tillstånd, vilket i sin tur bestämmer dess aktivitet i hälsa och sjukdom. Cellers spatiella proteinarkitektur möjliggör cell-cellkommunikation, mobilitet, struktur och immunologiska aktiviteter. För att kunna studera dessa aspekter har Pixelgen Technologies AB utvecklat Molecular Pixelation (MPX), ett optiskt fritt arbetsflöde för analys av immunceller som genererar spatiella nätverk av proteiner i 3D med nanometer upplösning, något som inte hittills varit möjligt med etablerade metoder. Dessutom möjliggör MPX djup fenotypning av immunceller, vilket ger en mer djupgående förståelse av cellbiologi, sjukdomsorsakande mekanismer och läkemedelsverkningssätt. Syftet med detta examensarbete är att undersöka/utveckla nya provhanteringsformat som kan reducera cellförluster för MPX. Att analysera sällsynta cellpopulationer och kontrollera cellförlusten under cell fixerings stegen är några av de problem man möter när man studerar cellytans proteom. Olika förbrukningsvaror nämligen spetsar med filter, beläggning av PCR-rören med serum, mikroarrayer, detergenter och streptavidin belagda nanopartiklar i kombination med biotinylerade sekundära antikroppar utvärderas för att övervinna dessa problem. Bland dem gav beläggning av PCR-rören med serum och användning av streptavidin belagda nanopartiklar lovande resultat.