Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Towards spatially resolved single cell micro-RNA expression analysis in tissue sections
KTH, School of Biotechnology (BIO).
2015 (English)Independent thesis Advanced level (degree of Master (Two Years)), 20 credits / 30 HE creditsStudent thesisAlternative title
Analys av microRNA-uttryck med spatial upplösning i vävnadssnitt (Swedish)
Abstract [en]

Over the past several years it has been revealed that microRNAs (miRNAs) play a role in various diseases from cancer to cardiovascular disease. These short, noncoding RNAs act by regulating gene expression at transcriptional or post-transcriptional level and show potential as biomarkers and as therapeutic targets.

Traditional miRNA expression analysis relies on measuring the mean miRNA content of a whole tissue sample, resulting in that altered miRNA expression of a rare cell type is masked because of the large number of normal cells.

Therefore, a method for spatially resolved single-cell miRNA sequencing is being developed. By placing a one-cell-layer tissue section on a microarray covered with pre-adenylated surface probes, miRNAs can be specifically immobilized to the surface by ligation. Surface probes are arranged into singl-cell-sized clusters with unique positional tags, which enables the miRNA expression data to be traced back to the cell from which it originated. In this master thesis project, a protocol for spatially resolved miRNA expression analysis has been evaluated, using in-house arrays without positional tags. The study was performed on the mouse olfactory bulb (MOB) model system, and includes new strategies for miRNA surface capture and library preparation.

Abstract [sv]

De senaste åren har det avslöjats att mikroRNA spelar en avgörande roll i flertalet sjukdomar från cancer till hjärt- och kärlsjukdomar. Dessa korta, icke-kodande RNA kan reglera genuttryck på transkriptionell eller posttranskriptionell nivå, och har potential som biomarkörer och terapeutiska mål-

I traditioell analys av miRNA-uttryck mäts det genomsnittliga innehållet av miRNA över ett helt vävnadsprov, vilket resulterar i att förändrat miRNA-uttryck hos en ovanlig celltyp döljs på grund av det stora antalet normala celler.

Därför är en metod för spatiellt upplöst singelcellsekvensering under utveckling. Genom att placera ett encellsskikt av vävnad på ett mikrochip täckt med pre-adenylerade utprober kan miRNA bindas specifikt till ytan genom ligering. Ytproberna är arrangerade i kluster med unika positionssekvenser som gör det möjligt att spåra tillbaka uttrycket av miRNA till den enskilda celler det kommer ifrån.

I detta examensarbete har ett protokoll för spatiellt upplöst expressionsanalys av miRNA utvärderats på chip utan unika positionssekvenser. Studien utfördes på ett modellsystem, luktbukb från mus, och inkluderar nya strategier för att fånga miRNA på yta och bibliotekspreparation.

Place, publisher, year, edition, pages
2015.
Keyword [en]
micro-RNA, tissue, single cell, spatial, sequencing
National Category
Engineering and Technology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:kth:diva-175387OAI: oai:DiVA.org:kth-175387DiVA: diva2:860677
Supervisors
Examiners
Available from: 2015-10-13 Created: 2015-10-13 Last updated: 2015-10-13Bibliographically approved

Open Access in DiVA

No full text

By organisation
School of Biotechnology (BIO)
Engineering and Technology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 31 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf