Endre søk
Begrens søket
1 - 1 of 1
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Treff pr side
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
  • Standard (Relevans)
  • Forfatter A-Ø
  • Forfatter Ø-A
  • Tittel A-Ø
  • Tittel Ø-A
  • Type publikasjon A-Ø
  • Type publikasjon Ø-A
  • Eldste først
  • Nyeste først
  • Skapad (Eldste først)
  • Skapad (Nyeste først)
  • Senast uppdaterad (Eldste først)
  • Senast uppdaterad (Nyeste først)
  • Disputationsdatum (tidligste først)
  • Disputationsdatum (siste først)
Merk
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Chatterjee, Saikat
    et al.
    KTH, Skolan för elektro- och systemteknik (EES), Kommunikationsteori.
    Koslicki, David
    Dept of Mathematics, Oregon State University, Corvallis, USA.
    Dong, Siyuan
    KTH, Skolan för datavetenskap och kommunikation (CSC), Beräkningsbiologi, CB.
    Innocenti, Nicolas
    KTH, Skolan för datavetenskap och kommunikation (CSC), Beräkningsbiologi, CB.
    Cheng, Lu
    Dept of Mathematics and Statistics, University of Helsinki, Finland.
    Lan, Yueheng
    Dept of Physics, Tsinghua University, Beijing, China.
    Vehkaperä, Mikko
    KTH, Skolan för elektro- och systemteknik (EES), Kommunikationsteori.
    Skoglund, Mikael
    KTH, Skolan för elektro- och systemteknik (EES), Centra, ACCESS Linnaeus Centre. KTH, Skolan för elektro- och systemteknik (EES), Kommunikationsteori.
    K. Rasmussen, Lars
    KTH, Skolan för elektro- och systemteknik (EES), Kommunikationsteori.
    Aurell, Erik
    KTH, Skolan för datavetenskap och kommunikation (CSC), Beräkningsbiologi, CB.
    Corander, Jukka
    Dept of Signal Processing, Aalto University, Finland.
    SEK: Sparsity exploiting k-mer-based estimation of bacterial community composition2014Inngår i: Bioinformatics, ISSN 1460-2059, Vol. 30, nr 17, s. 2423-2431Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert)
    Abstract [en]

    Motivation: Estimation of bacterial community composition from a high-throughput sequenced sample is an important task in metagenomics applications. As the sample sequence data typically harbors reads of variable lengths and different levels of biological and technical noise, accurate statistical analysis of such data is challenging. Currently popular estimation methods are typically time-consuming in a desktop computing environment.

    Results: Using sparsity enforcing methods from the general sparse signal processing field (such as compressed sensing), we derive a solution to the community composition estimation problem by a simultaneous assignment of all sample reads to a pre-processed reference database. A general statistical model based on kernel density estimation techniques is introduced for the assignment task, and the model solution is obtained using convex optimization tools. Further, we design a greedy algorithm solution for a fast solution. Our approach offers a reasonably fast community composition estimation method, which is shown to be more robust to input data variation than a recently introduced related method.

    Availability and implementation: A platform-independent Matlab implementation of the method is freely available at http://www.ee.kth.se/ctsoftware; source code that does not require access to Matlab is currently being tested and will be made available later through the above Web site.

1 - 1 of 1
RefereraExporteraLink til resultatlisten
Permanent link
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf