Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 5 av 5
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Agaton, Charlotta
    et al.
    KTH, Tidigare Institutioner                               , Bioteknologi.
    Unneberg, Per
    KTH, Tidigare Institutioner                               , Bioteknologi.
    Sievertzon, Maria
    KTH, Tidigare Institutioner                               , Bioteknologi.
    Holmberg, Anders
    KTH, Tidigare Institutioner                               , Bioteknologi.
    Ehn, Maria
    KTH, Tidigare Institutioner                               , Bioteknologi.
    Larsson, Magnus
    KTH, Tidigare Institutioner                               , Bioteknologi.
    Odeberg, Jacob
    KTH, Tidigare Institutioner                               , Bioteknologi.
    Uhlén, Mathias
    KTH, Tidigare Institutioner                               , Bioteknologi.
    Lundeberg, Joakim
    KTH, Tidigare Institutioner                               , Bioteknologi.
    Gene expression analysis by signature pyrosequencing2002Ingår i: Gene, ISSN 0378-1119, E-ISSN 1879-0038, Vol. 289, nr 1-2, s. 31-39Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

     We describe a novel method for transcript profiling based on high-throughput parallel sequencing of signature tags using a non-gel-based microtiter plate format. The method relies on the identification of cDNA clones by pyrosequencing of the region corresponding to the 3'-end of the mRNA preceding the poly(A) tail. Simultaneously, the method can be used for gene discovery, since tags corresponding to unknown genes can be further characterized by extended sequencing. The protocol was validated using a model system for human atherosclerosis. Two 3'-tagged cDNA libraries, representing macrophages and foam cells, which are key components in the development of atherosclerotic plaques, were constructed using a solid phase approach. The libraries were analyzed by pyrosequencing, giving on average 25 bases. As a control, conventional expressed sequence tag (EST) sequencing using slab gel electrophoresis was performed. Homology searches were used to identify the genes corresponding to each tag. Comparisons with EST sequencing showed identical, unique matches in the majority of cases when the pyrosignature was at least 18 bases. A visualization tool was developed to facilitate differential analysis using a virtual chip format. The analysis resulted in identification of genes with possible relevance for development of atherosclerosis. The use of the method for automated massive parallel signature sequencing is discussed.

  • 2.
    Bertilson, Michael
    et al.
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    von Hofsten, Olov
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Vogt, Ulrich
    Holmberg, Anders
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Christakou, Athanasia
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Jerlström-Hultqvist, J.
    Svärd, S.
    Hertz, Hans M.
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Laboratory Soft X-Ray Cryo TomographyManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    X-rays allow quantitative high-spatial-resolution three-dimensional (3D) imaging of intact unstained cells. Such 3D imaging is provided by soft x-ray lens-based methods (water-window cryo tomography) and hard x-ray lens-less methods (coherent diffraction imaging) are emerging. However, both methods rely on high-brightness synchrotron-radiation sources, which limit the accessibility of a wider scientific community. Here we show 3D water-window cryo tomography with a laboratory-source-based microscope arrangement. The system relies on a λ=2.48-nm liquid-jet laser-plasma source, normal- incidence multilayer condenser optics, 30-nm zone-plate optics, and a cryo sample chamber. We demonstrate imaging of intact unstained yeast, protozoan parasites and mammalian cells. 3D images show noise-limited features close to ~100 nm and intra-cellular structure is classified based on the local absorption coefficient. A comprehensive theoretical model of the tomographic imaging system allows optimization of system parameters and a quantitative estimate of the 3D imaging accuracy. The model includes issues such as non-geometric projections of the thick samples and stray light, and is applicable to laboratory as well as synchrotron-based x-ray microscopes. The model shows that laboratory x-ray cryo tomography will allow quantitative 3D imaging with ~30-nm (half-period) resolution over a full 5 µm object.

     

  • 3.
    Hertz, Hans
    et al.
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    von Hofsten, Olov
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Bertilson, Mikael
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Vogt, Ulrich
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Holmberg, Anders
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Reinspach, Julia Antonia
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Martz, Dale
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Selin, Mårten
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Christakou, Athanasia
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Jerlström-Hultqvist, J
    Svärd, S
    Laboratory cryo soft X-ray microscopy2012Ingår i: Journal of Structural Biology, ISSN 1047-8477, E-ISSN 1095-8657, Vol. 177, nr 2, s. 267-272Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Lens-based water-window X-ray microscopy allows two- and three-dimensional (2D and 3D) imaging of intact unstained cells in their near-native state with unprecedented contrast and resolution. Cryofixation is essential to avoid radiation damage to the sample. Present cryo X-ray microscopes rely on synchrotron radiation sources, thereby limiting the accessibility for a wider community of biologists. In the present paper we demonstrate water-window cryo X-ray microscopy with a laboratory-source-based arrangement. The microscope relies on a lambda = 2.48-nm liquid-jet high-brightness laser-plasma source, normal-incidence multilayer condenser optics, 30-nm zone-plate optics, and a cryo sample chamber. We demonstrate 2D imaging of test patterns, and intact unstained yeast, protozoan parasites and mammalian cells. Overview 3D information is obtained by stereo imaging while complete 3D microscopy is provided by full tomographic reconstruction. The laboratory microscope image quality approaches that of the synchrotron microscopes, but with longer exposure times. The experimental image quality is analyzed from a numerical wave-propagation model of the imaging system and a path to reach synchrotron-like exposure times in laboratory microscopy is outlined.

  • 4.
    Holmberg, Anders
    et al.
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Reinspach, Julia
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Lindblom, Magnus
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Chubarova, Elena
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Bertilson, Michael
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    von Hofsten, Olov
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Nilsson, Daniel
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Selin, Mårten
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Larsson, Daniel
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Skoglund Lindberg, Peter
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Lundstrom, Ulf
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Takman, Per
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Vogt, Ulrich
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Hertz, Hans
    KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biomedicinsk fysik och röntgenfysik.
    Towards 10-nm Soft X-Ray Zone Plate Fabrication2011Konferensbidrag (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    In this paper the latest efforts to improve our nanofabrication process for soft x‐ray zone plates is presented. The resolving power, which is proportional to the smallest outermost zone width of the zone plate, is increased by introducing cold development of the electron beam resist that is used for the patterning. With this process we have fabricated Ni zone plates with 13‐nm outermost zone and shown potential for making 11‐nm half‐pitch lines in the electron beam resist. Maintaining the diffraction efficiency of the zone plate is a great concern when the outermost zone width is decreased. To resolve this problem we have developed the so‐called Ni‐Ge zone plate in which the zone plate is build up by Ni and Ge, resulting in an increase of the diffraction efficiency. In a proof‐of‐principle experiment with 25‐nm Ni‐Ge zone plates, we have shown a doubling of the diffraction efficiency. When combined with cold development, the Ni‐Ge process has been shown to work down to 16‐nm half‐pitch. It is plausible that further refinement of the process will make it possible to go to 10‐nm outermost zone widths.

  • 5.
    Westberg, Joakim
    et al.
    KTH, Tidigare Institutioner, Bioteknologi.
    Persson, Anja
    KTH, Tidigare Institutioner, Bioteknologi.
    Holmberg, Anders H.
    KTH, Tidigare Institutioner, Bioteknologi.
    Goesmann, A.
    Lundeberg, Joakim
    KTH, Tidigare Institutioner, Bioteknologi.
    Johansson, K. E.
    Pettersson, Bertil
    KTH, Tidigare Institutioner, Bioteknologi.
    Uhlén, Mathias
    KTH, Tidigare Institutioner, Bioteknologi.
    The genome sequence of Mycoplasma mycoides subsp mycoides SC type strain PG1(T), the causative agent of contagious bovine pleuropneumonia (CBPP)2004Ingår i: Genome Research, ISSN 1088-9051, E-ISSN 1549-5469, Vol. 14, nr 2, s. 221-227Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Mycoplasma mycoides subsp. mycoidesSC (MmymySC) is the etiological agent of contagious bovine pleuropneumonia (CBPP), a highly contagious respiratory disease in cattle. The genome of Mmymy SC type strain PUT has been sequenced to map all the genes and to facilitate further studies regarding the cell function of the organism and CBPP. The genome is characterized by a single circular chromosome of 1,211,703 bp with the lowest G+C content (24 mole%) and the highest density of insertion sequences (13% of the genome size) of all sequenced bacterial genomes. The genome contains 985 putative genes, of which 72 are part of insertion sequences and encode transposases. Anomalies in the GC-skew pattern and the presence of large repetitive sequences indicate a high genomic plasticity. A variety of potential virulence factors was identified, including genes encoding putative variable surface proteins and enzymes and transport proteins responsible for the production of hydrogen peroxide and the capsule, which is believed to have toxic effects on the animal.

1 - 5 av 5
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf