This thesis presents a light sheet fluorescence microscope that can capture high-quality images for three-dimensional visualizations using a user-friendly Python program. The microscope is based on the open-source project descSPIM. The program can be used to calibrate and decide measurement settings to accurately acquire z-stacks of a sample. From the z-stacks, three-dimensional reconstruction can be performed to observe three-dimensional structures in detail. The project successfully compensated for refraction in z-stack acquisition while discussing topics such as improving image quality, increasing versatility, and broadening access to light sheet fluorescence microscopes. This thesis shows the advantages of light sheet fluorescence microscopes in relation to observed issues in the setup and can serve as a foundation for further improvements of the microscope.

Det här examensarbetet presenterar ett light-sheet mikroskop som kan ta bilder med hög kvalitet som kan användas för tredimensionella visualiseringar genom att använda ett användarvänligt Python program. Mikroskopet är baserat på open-source projektet descSPIM. Programmet kan användas för att kalibrera och bestämma mätinställningar för att erhålla z-stacks av det som ska observeras. Från z-stacksen kan 3D-rekonstruktioner skapas. Dessa kan användas för att observera tredimensionella strukturer i detalj. Projektet lyckades med att kompensera för brytningsindex i erhållandet av z-stacks. I och med detta så diskuterades även hur bildkvaliteten kan förbättras, hur tekniken kan appliceras på fler uppsättningar och hur man kan öka tillgången till light-sheet mikroskop. Examensarbetet belyser fördelarna med light-sheet mikroskop men betonar också problem som stöttes på under projektets gång. Det här examensarbetet kan användas som underlag för framtida projekt för att förbättra mikroskopet.