kth.sePublikationer KTH
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
The accelerated weight histogram method for alchemical free energy calculations
ERCO Pharma AB, S-11439 Stockholm, Sweden..
KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Fysik, Kondenserade materiens teori.ORCID-id: 0000-0002-9881-7857
KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biofysik. KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID-id: 0000-0002-7498-7763
2021 (Engelska)Ingår i: Journal of Chemical Physics, ISSN 0021-9606, E-ISSN 1089-7690, Vol. 154, nr 20, artikel-id 204103Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The accelerated weight histogram method is an enhanced sampling technique used to explore free energy landscapes by applying an adaptive bias. The method is general and easy to extend. Herein, we show how it can be used to efficiently sample alchemical transformations, commonly used for, e.g., solvation and binding free energy calculations. We present calculations and convergence of the hydration free energy of testosterone, representing drug-like molecules. We also include methane and ethanol to validate the results. The protocol is easy to use, does not require a careful choice of parameters, and scales well to accessible resources, and the results converge at least as quickly as when using conventional methods. One benefit of the method is that it can easily be combined with other reaction coordinates, such as intermolecular distances.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
AIP Publishing , 2021. Vol. 154, nr 20, artikel-id 204103
Nationell ämneskategori
Teoretisk kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-302010DOI: 10.1063/5.0044352ISI: 000692823300002PubMedID: 34241154Scopus ID: 2-s2.0-85106877320OAI: oai:DiVA.org:kth-302010DiVA, id: diva2:1594709
Anmärkning

QC 20210916

Tillgänglig från: 2021-09-16 Skapad: 2021-09-16 Senast uppdaterad: 2022-06-25Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Lidmar, JackHess, Berk

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Lidmar, JackHess, Berk
Av organisationen
Kondenserade materiens teoriBiofysikScience for Life Laboratory, SciLifeLab
I samma tidskrift
Journal of Chemical Physics
Teoretisk kemi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 171 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf