kth.sePublikationer KTH
Driftmeddelande
För närvarande är det driftstörningar. Felsökning pågår.
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Textile and Paper Microfluidic Platforms for Electroanalytical Nucleic Acid Testing
KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), Fiber- och polymerteknologi, Fiberteknologi. KTH.ORCID-id: 0000-0001-7002-1382
2021 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

Rapid and accurate near-patient diagnostic tests outside well-equipped laboratories are essential in the fight against outbreaks of infectious diseases, especially when these can turn into pandemics. As severe acute respiratory syndrome CoV 2 (SARS-CoV-2) is the latest but probably not the last pandemic of the 21st century. Nucleic acid amplification tests (NAATs) identify pathogens at the molecular level by targeting specific gene sequences. NAATs are currently the gold standard of molecular diagnostics, given their reliability, sensitivity, and specificity. In addition, NAATs can provide quantitative results with a short turnaround time compared to conventional immunoassays or culturing methods. However, most NAATs necessitate centralized laboratories and trained health professionals and, to a large extend, fail to be point-of-care(POC).The biosensing field was inspired by the micro electronics revolution in the1980s, which led to the emergence of the micro-total analysis systems (μTAS)concept. μTAS was envisioned to miniaturized laboratory-based tests in single microfluidic devices. The combination of POC NAATs with μTAS can offer rapid, sensitive, and specific diagnostic tools of great importance in tackling diseases.In this thesis, we have utilized paper and textile materials as a platform for developing μTAS. These materials possess many features necessary for advanced μTAS, such as the ability to transport liquids, store reagents and embed electronic functions, making them ideal for integrating affordable, portable, and easy to manufacture μTAS for NAATs.We have specially developed NAATs with paper-based and thread-based electrochemical readout to provide quantitative responses with high sensitivity, specificity, and the possibility to connect to portable digital electronics. This work paves the way for robust sample-to-answer digital POC NAATs.

Abstract [sv]

Snabba och noggranna diagnostiska tester som utförs nära patienten utanför välutrustade laboratorier är det mest avgörande sättet att ta itu med smittsamma sjukdomar, som i värsta fall kan förvandlas till en pandemi.Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV2) är den senaste men förmodligen inte den sista pandemin under 2000-talet.Nukleinsyraamplifieringstest (NAAT) identifierar patogener på en molekylär nivå genom att rikta in på specifika gensekvenser. NAAT är för tillfället den gyllene standarden för molekylär diagnostisk teknik med tanke på desstillförlitlighet, känslighet, och specificitet Utöver detta ger NAAT kvantitativa resultat med en kort behandlingstid i motsats till konventionella immunanalyser eller odlingsmetoder. De flesta NAAT-metoder kräver dock centraliserade laboratorier och utbildad personal och är därmed inte anpassade för självtest nära patienten.Biosensorsfältet var inspirerat av mikroelektronikrevolutionen på 1980-talet, vilket ledde till uppkomsten av konceptet mikrototalanalyssystem(μTAS). Dessa system har som syfte att miniatyrisera laboratoriebaserade tester genom att utföra alla steg i enstaka mikrofluidanordningar.Kombineringen av patientnära NAAT-tester med μTAS kan därför erbjuda snabba, känsliga och specifika diagnostikverktyg och därmed ha stor påverkan för att förhindra överföring av infektionssjukdomar. I den här avhandlingen har vi använt papper och textila material som en platform utveckling av μTAS.Dessa material har många egenskaper som är nödvändiga för μTAS såsom förmågan att transportera vätskor, lagra reagenser och att integrera elektroniska funktioner, vilket gör dem ideala för att integrera prisvärda, bärbara och lättillverkade μTAS för NAAT-tester. Vi har speciellt utvecklat NAAT-tekniker med papper- och trådbaserad elektrokemisk avläsning som ger kvantitativa svar med hög känslighet,specificitet och möjlighet att ansluta till bärbara elektroniska enheter. Detta arbete banar vägen för robusta, digitala och patientnära prov-till-svar-tester som baseras på NAAT-teknik.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Stockholm, Sweden: KTH Royal Institute of Technology, 2021. , s. 61
Serie
TRITA-CBH-FOU ; 2021:33
Nationell ämneskategori
Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci)
Forskningsämne
Fiber- och polymervetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-302471OAI: oai:DiVA.org:kth-302471DiVA, id: diva2:1597084
Disputation
2021-10-18, Kollegiesalen, Brinellvägen 8, KTH, Stockholm, 14:00 (Engelska)
Opponent
Handledare
Forskningsfinansiär
EU, Europeiska forskningsrådet, 715268
Anmärkning

QC 2021-09-24

Tillgänglig från: 2021-09-24 Skapad: 2021-09-24 Senast uppdaterad: 2022-10-31Bibliografiskt granskad
Delarbeten
1. Nitrocellulose-bound achromopeptidase for point-of-care nucleic acid tests
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Nitrocellulose-bound achromopeptidase for point-of-care nucleic acid tests
Visa övriga...
2021 (Engelska)Ingår i: Scientific Reports, E-ISSN 2045-2322, Vol. 11, nr 1, artikel-id 6140Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Enzymes are the cornerstone of modern biotechnology. Achromopeptidase (ACP) is a well-known enzyme that hydrolyzes a number of proteins, notably proteins on the surface of Gram-positive bacteria. It is therefore used for sample preparation in nucleic acid tests. However, ACP inhibits DNA amplification which makes its integration difficult. Heat is commonly used to inactivate ACP, but it can be challenging to integrate heating into point-of-care devices. Here, we use recombinase polymerase amplification (RPA) together with ACP, and show that when ACP is immobilized on nitrocellulose paper, it retains its enzymatic function and can easily and rapidly be activated using agitation. The nitrocellulose-bound ACP does, however, not leak into the solution, preventing the need for deactivation through heat or by other means. Nitrocellulose-bound ACP thus opens new possibilities for paper-based Point-of-Care (POC) devices.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Springer Nature, 2021
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper
Identifikatorer
urn:nbn:se:kth:diva-292300 (URN)10.1038/s41598-021-85481-2 (DOI)000630510600002 ()33731748 (PubMedID)2-s2.0-85102733962 (Scopus ID)
Anmärkning

QC 20210406

Tillgänglig från: 2021-04-06 Skapad: 2021-04-06 Senast uppdaterad: 2022-11-03Bibliografiskt granskad
2. Electrochemical Detection of Genomic DNA Utilizing Recombinase Polymerase Amplification and Stem-Loop Probe
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Electrochemical Detection of Genomic DNA Utilizing Recombinase Polymerase Amplification and Stem-Loop Probe
Visa övriga...
2020 (Engelska)Ingår i: ACS Omega, E-ISSN 2470-1343, Vol. 5, nr 21, s. 12103-12109Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Nucleic acid tests integrated into digital point-of-care (POC) diagnostic systems have great potential for the future of health care. However, current methods of DNA amplification and detection require bulky and expensive equipment, many steps, and long process times, which complicate their integration into POC devices. We have combined an isothermal DNA amplification method, recombinase polymerase amplification, with an electrochemical stem-loop (S-L) probe DNA detection technique. By combining these methods, we have created a system that is able to specifically amplify and detect as few as 10 copies/mu L Staphylococcus epidermidis DNA with a total time to result of 70-75 min.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
AMER CHEMICAL SOC, 2020
Nationell ämneskategori
Pappers-, massa- och fiberteknik
Identifikatorer
urn:nbn:se:kth:diva-277660 (URN)10.1021/acsomega.0c00341 (DOI)000538419300024 ()32548389 (PubMedID)2-s2.0-85085747680 (Scopus ID)
Anmärkning

QC 20200630

Tillgänglig från: 2020-06-30 Skapad: 2020-06-30 Senast uppdaterad: 2022-12-07Bibliografiskt granskad
3. Woven Electroanalytical Biosensor for Nucleic AcidAmplification Tests
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Woven Electroanalytical Biosensor for Nucleic AcidAmplification Tests
Visa övriga...
2021 (Engelska)Ingår i: Advanced Healthcare Materials, ISSN 2192-2640, E-ISSN 2192-2659, Vol. 10, nr 11, s. 2100034-Artikel i tidskrift (Refereegranskat) [Forskning på konstnärlig grund] Published
Abstract [en]

Fiber-based biosensors enable a new approach in analytical diagnosticdevices. The majority of textile-based biosensors, however, rely oncolorimetric detection. Here a woven biosensor that integrates microfluidicsstructures in combination with an electroanalytical readout based on athiol-self-assembled monolayer (SAM) for Nucleic Acid Amplification Testing,NAATs is shown. Two types of fiber-based electrodes are systematicallycharacterized: pure gold microwires (bond wire) and off-the-shelf plasmagold-coated polyester multifilament threads to evaluate their potential to formSAMs on their surface and their electrochemical performance in woven textile.A woven electrochemical DNA (E-DNA) sensor using a SAM-based stem-loopprobe-modified gold microwire is fabricated. These sensors can specificallydetect unpurified, isothermally amplified genomic DNA of Staphylococcusepidermidis (10 copies/μL) by recombinase polymerase amplification (RPA).This work demonstrates that textile-based biosensors have the potential forintegrating and being employed as automated, sample-to-answer analyticaldevices for point-of-care (POC) diagnostics.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Wiley-VCH Verlagsgesellschaft, 2021
Nyckelord
Woven electroanalytical microfluidic devices, DNA biosensors, Fiber electrodes, Self assembled monolayers (SAM)
Nationell ämneskategori
Analytisk kemi
Identifikatorer
urn:nbn:se:kth:diva-301909 (URN)10.1002/adhm.202100034 (DOI)000645682300001 ()33930257 (PubMedID)2-s2.0-85105138834 (Scopus ID)
Forskningsfinansiär
EU, Europeiska forskningsrådet
Anmärkning

QC 20210917

Tillgänglig från: 2021-09-14 Skapad: 2021-09-14 Senast uppdaterad: 2022-12-07Bibliografiskt granskad
4. Electroanalytical Paper based Nucleic Acid Amplification Tests with Integrated Thread Electrodes
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Electroanalytical Paper based Nucleic Acid Amplification Tests with Integrated Thread Electrodes
(Engelska)Artikel i tidskrift (Refereegranskat) [Forskning på konstnärlig grund] Submitted
Nationell ämneskategori
Naturvetenskap
Identifikatorer
urn:nbn:se:kth:diva-302112 (URN)
Forskningsfinansiär
EU, Europeiska forskningsrådet
Anmärkning

QC 20210923

Tillgänglig från: 2021-09-16 Skapad: 2021-09-16 Senast uppdaterad: 2022-11-03Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(4058 kB)410 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 4058 kBChecksumma SHA-512
bf01a05e53dde198ad1625f13358c8ec92a297a01b280907940408572a4473189ce7219074a0bfe5e43a918a58cddcaa41ce1b994f789c5cf5961c0ae21d04cd
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Person

Khaliliazar, Shirin

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Khaliliazar, Shirin
Av organisationen
Fiberteknologi
Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 410 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 708 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf