kth.sePublikationer KTH
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
OME-Zarr: a cloud-optimized bioimaging file format with international community support
German BioImaging-Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse e.V., Constance, Germany.
KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biofysik.ORCID-id: 0000-0002-9583-9022
KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Tillämpad fysik, Biofysik.ORCID-id: 0000-0002-0291-926x
Divisions of Molecular Cell and Developmental Biology, and Computational Biology, University of Dundee, Dundee, Scotland, UK.
Visa övriga samt affilieringar
Antal upphovsmän: 692023 (Engelska)Ingår i: Histochemistry and Cell Biology, ISSN 0948-6143, E-ISSN 1432-119X, Vol. 160, nr 3, s. 223-251Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

A growing community is constructing a next-generation file format (NGFF) for bioimaging to overcome problems of scalability and heterogeneity. Organized by the Open Microscopy Environment (OME), individuals and institutes across diverse modalities facing these problems have designed a format specification process (OME-NGFF) to address these needs. This paper brings together a wide range of those community members to describe the cloud-optimized format itself—OME-Zarr—along with tools and data resources available today to increase FAIR access and remove barriers in the scientific process. The current momentum offers an opportunity to unify a key component of the bioimaging domain—the file format that underlies so many personal, institutional, and global data management and analysis tasks.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Springer Nature , 2023. Vol. 160, nr 3, s. 223-251
Nyckelord [en]
Bioimaging, Cloud, Community, Data, FAIR, Format
Nationell ämneskategori
Biofysik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-338547DOI: 10.1007/s00418-023-02209-1ISI: 001039590300001PubMedID: 37428210Scopus ID: 2-s2.0-85164336665OAI: oai:DiVA.org:kth-338547DiVA, id: diva2:1810530
Anmärkning

QC 20231108

Tillgänglig från: 2023-11-08 Skapad: 2023-11-08 Senast uppdaterad: 2025-02-20Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Moreno, Xavier CasasOuyang, Wei

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Moreno, Xavier CasasOuyang, Wei
Av organisationen
Science for Life Laboratory, SciLifeLabBiofysik
I samma tidskrift
Histochemistry and Cell Biology
Biofysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 86 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf