kth.sePublikationer KTH
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Hidden network preserved in Slide-tags data allows reference-free spatial reconstruction
KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), Genteknologi. KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID-id: 0009-0004-1327-5721
KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), Genteknologi. KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID-id: 0000-0001-5402-6917
KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), Genteknologi. KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID-id: 0000-0003-3755-718X
KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), Genteknologi.ORCID-id: 0000-0002-2207-7370
Visa övriga samt affilieringar
2025 (Engelska)Ingår i: Nature Communications, E-ISSN 2041-1723, Vol. 16, nr 1, artikel-id 9652Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Spatial transcriptomics technologies aim to spatially map gene expression in tissues and typically use oligonucleotide array surfaces that have undergone spatial indexing. These arrays are used to capture nucleic acids diffusing from adjacently placed tissues, allowing subsequent sequencing to reveal both gene and position. Slide-tags is a recently developed method by Russell et al. that inverts this principle. Instead of capturing molecules released from the tissue, probes are detached from a pre-decoded bead array and diffused into tissues, tagging nuclei with spatial barcodes. In this work we reanalyze this data and discover a latent, spatially informative cell-bead network formed incidentally from barcode diffusion and the biophysical properties of the tissue. This allows us to treat Slide-tags as a network-based imaging-by-sequencing approach. By optimizing spatial constraints encoded in the cell-bead network structure, we can achieve unassisted tissue reconstruction, a fundamental shift from classical spatial technologies based on pre-indexed arrays.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Springer Nature , 2025. Vol. 16, nr 1, artikel-id 9652
Nationell ämneskategori
Biofysik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-372885DOI: 10.1038/s41467-025-65295-wISI: 001606917700035PubMedID: 41173855Scopus ID: 2-s2.0-105020637200OAI: oai:DiVA.org:kth-372885DiVA, id: diva2:2013861
Anmärkning

QC 20251114

Tillgänglig från: 2025-11-14 Skapad: 2025-11-14 Senast uppdaterad: 2025-11-14Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Kolmodin Dahlberg, SimonFernandez Bonet, DavidFranzén, LovisaStåhl, PatrikHoffecker, Ian T.

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Kolmodin Dahlberg, SimonFernandez Bonet, DavidFranzén, LovisaStåhl, PatrikHoffecker, Ian T.
Av organisationen
GenteknologiScience for Life Laboratory, SciLifeLab
I samma tidskrift
Nature Communications
Biofysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 11 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf